La destrucción de la Biblioteca de Alejandría es uno de los más grandes misterios de la civilización occidental. Se carece de testimonios precisos sobre sus aspectos más esenciales, y no se han encontrado las ruinas. En el Oriente y en el Occidente, entre los cristianos y los musulmanes, se han cruzado durante siglos mutuas acusaciones de culpabilidad acerca de la destrucción de este gran centro intelectual. El carácter polémico, evasivo, y cordialmente tedioso del tema ha propiciado decenas de hipótesis.
Suele afirmarse, equivocadamente, que el primero de todos los ataques contra la Biblioteca de Alejandría fue el perpetrado por Julio César. El año 48 a.d.C las tropas egipcias, asediaron a César en el palacio real de la ciudad e intentaron capturar las naves romanas en el puerto. En medio de los combates, teas incendiarias fueron lanzadas por orden de César contra la flota egipcia, reduciéndola a las llamas en pocas horas. Por algunas fuentes clásicas puede parecer que este incendio se habría extendido hasta los depósitos de libros de la Gran Biblioteca, cercanos al puerto. Séneca confirma en su De tranquilitate animi la pérdida de 40.000 rollos en este desafortunado incidente (“quadraginta milia librorum Alexandriae arserunt”), citando su fuente, el perdido libro CXII de Tito Livio, quien fue contemporáneo del desastre.
Se pueda afirmar sin duda alguna que la Gran Biblioteca alejandrina y sus tesoros no resultaron destruidos en el incendio del año 48 a.d. C. Los famosos 40.000 tomos que habrían ardido, estaban depositados en almacenes del puerto, probablemente en espera de ser catalogados para la Biblioteca, o para su exportación a Roma, tal como indican el Bellum Alexadrinum, Séneca y Dión Casio.
Después del desastroso incendio, la muerte de César y del ascenso de Augusto, Cleopatra VII se refugió en la ciudad de Tarso (en la actual Turquía) junto con Marco Antonio. Fue entonces cuando el triunviro le ofreció los 200.000 manuscritos traídos desde la biblioteca de Pérgamo (en Asia Menor), que Cleopatra depositó en la biblioteca como compensación por cualquier posible pérdida.
A finales del siglo IV, el emperador Teodosio el Grande, en respuesta a una petición del patriarca Teófilo de Alejandría, envió una sentencia de destrucción contra el paganismo en Egipto. En el año 391, se demolió el Serapeo (templo dedicado a Serapis) y sobre sus restos se edificó un templo cristiano. Parece que es en este momento cuando la Biblioteca fue saqueada y desperdigada o destruida. El sucesor de Teófilo, su sobrino Cirilo, se dedicó a cuestionar a los filósofos, entre los que se encontraba la última directora de la Academia, Hipatia; su asesinato por una turba de fanáticos seguidores del obispo Cirilo en el 412 marca el fin de la filosofía y la enseñanza neoplatónica en todo el Imperio romano. Cuatro años después de la muerte de Hipatia, en 416, el teólogo e historiador hispanorromano Paulo Orosio vio con mucha tristeza las ruinas de aquella ciudad que había sido magnífica y los restos de la biblioteca en la colina, confirmando que "sus armarios vacíos... fueron saqueados por hombres de nuestro tiempo".
En el año 642 el comandante musulmán Amr ibn al-Ass, al entrar en la ciudad, se dirigió al segundo sucesor de Mahoma, al califa Umar ibn al-Jattab, a quien pidió una decisión sobre el futuro de los libros de la Biblioteca. La disposición del califa fue la siguiente: “Con relación a los libros que mencionas, aquí está mi respuesta. Si los libros contienen la misma doctrina del Corán, no sirven para nada porque repiten; si los libros no están de acuerdo con la doctrina del Corán, no tiene caso conservarlos”.
Según el historiador Abd al-Latif, el comandante Amr lamentó este criterio, pero fue obediente y no vaciló en cumplir la orden recibida, con lo que la biblioteca de Alejandría fue incendiada y totalmente destruida. Añade Ibn al-Kifti que los papiros sirvieron como combustible para los baños públicos por espacio de seis meses.
